موسسه جهاد استقلال در تاریخ ۱۳۶۵/۵/۱۹ تحت شماره ۳۱۵۱ به عنوان موسسه غیر انتفاعی جهاد استقلال بنیاد امور جانبازان و مستضعفان به ثبت رسیده و در تاریخ ۱۳۶۵/۵/۲۰ ضمن انعقاد عقد لازم صلح غیر معوض از طرف بنیاد به وزارت جهاد سازندگی پس از جاری شدن عقد صلح هبه شده است.
بر اساس قانون لایحه بندهای ۱۱ و ۱۲ به قانون فهرست نهادها و موسسات عمومی غیر دولتی مصوب ۱۳۷۶/۳/۱۱ مجلس شورای اسلامی، موسسه جهاد استقلال به عنوان نهاد و موسسه عمومی غیر دولتی شناخته شده و اساسنامه موسسه در تاریخ ۱۳۷۹/۲/۱۴ بر اساس تبصره ۲ بند ۱۲ قانون مذکور به تصویب هیات محترم وزیران رسیده است.